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Le microbiote : définition

Le microbiote est le terme utilisé par les scientifiques pour désigner la flore intestinale, ou plutôt, l’écosystème microscopique vivant dans les intestins. Le microbiote est donc l’ensemble des micro-organismes, tels que les bactéries, les virus, les parasites, et les champignons non pathogènes qui vivent dans un environnement très spécifique.

Le corps humain héberge dans son tube digestif environ 100.000 milliards de micro-organismes vivant en cohabitation. C’est 10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent l’organisme, pour un poids total de 2 kilos.

Ces micro-organismes colonisent tout le tube digestif mais se concentrent particulièrement en abondance dans le côlon. Celui-ci est composé d’une grande diversité bactérienne, notamment 800 à 1000 espèces différentes connues. On retrouve trois grands groupes bactériens dans tous le corps humain. Cependant, près de 80 % des espèces dominantes du microbiote d’un individu lui sont propres. Ainsi, chaque être humain possède un microbiote unique.

Quelle est l’origine du microbiote ?

Le microbiote se constitue dès la naissance, car le tube digestif est stérile avant l’accouchement. La flore intestinale commence à s’établir au contact de la flore vaginale après un accouchement par les voies naturelles, ou au contact des micro-organismes de l’environnement par césarienne.

La colonisation bactérienne continue chez le nouveau-né de façon progressive sous l’influence de l’alimentation lactée, de l’environnement familial et de la respiration. Car, les premières bactéries intestinales ont besoin d’oxygène pour se multiplier.

La composition du microbiote intestinal augmente en diversité et en richesse progressivement avec l’âge. Le microbiote continue à évoluer qualitativement et quantitativement jusqu’à qu’il soit suffisamment stable.

Quel est le rôle du microbiote ?

Le microbiote joue un rôle prépondérant dans les fonctions digestive, métabolique, immunitaire et neurologique. Par conséquent, lorsqu’il a un changement qualitatif de la flore intestinale, cela peut entrainer certaines maladies. Le microbiote intervient dans plusieurs fonctions de l’organisme pour assurer son bien-être et sa santé :

  • Il favorise l’assimilation des nutriments avec l’aide d’enzymes dont l’organisme n’est pas pourvu. Notamment, l’absorption des acides gras, du calcium, du magnésium.
  • Certains composés alimentaires, comme les fibres, acides aminés sont dégradés et fermentés dans le côlon par le microbiote. Ce processus produit des gaz et des acides gras qui servent de nutriments pour les cellules de l’intestin, tout en préservant l’intégrité de la muqueuse.
  • Les micro-organismes participent directement à la digestion, en assurant la fermentation des résidus alimentaires non digestibles. Ils interviennent également dans l’hydrolyse de l’amidon, de la cellulose, des polysaccharides. Ils sont présents encore dans la synthèse des vitamines du groupe B, de vitamine K.
  • Le microbiote fonctionne comme une barrière contre la colonisation du tube digestif par des microbes pathogènes. Il possède aussi le pouvoir de dégrader des toxines. Il est donc essentiel au fonctionnement de l’immunité intestinale mais aussi générale, puisque le système intestinal héberge une grande majorité des cellules immunitaires.
  • Le microbiote produit les mêmes neuromédiateurs que le cerveau, ce qui lui permet d’intervenir dans le dialogue cerveau-intestin.

Toutefois, de nombreux facteurs peuvent influencer l’équilibre du microbiote intestinal, notamment l’alimentation, les antibiotiques, le stress et le vieillissement. Une flore microbienne déséquilibrée contribue à l’apparition de l’obésité, de la colite ulcéreuse, de la maladie de Crohn, du cancer colorectal, du syndrome du côlon irritable, de la maladie cœliaque et plusieurs autres maladies.

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